Jabatan Bendahari Universiti Malaysia Sabah bertanggungjawab dalam hal ehwal kewangan Universiti. Jabatan Bendahari menguruskan hasil dan perbelanjaan universiti. Bahagian Pentadbiran Jabatan Bendahari terletak di Blok Selatan aras 3, manakala Kaunter penerimaan di Blok Utara aras 4 dan Kaunter Pengambilan cek adalah di Blok Utara Aras 2. Jabatan Bendahari mempunyai misi tersendiri dalam memartabatkan Universiti Malaysia Sabah nombor satu dimata dunia. Misi dan Visi Jabatan Bendahari adalah :
MISI
“Melaksana dan mengamalkan Sistem Pengurusan Kewangan dengan berintegriti, telus dan bertanggungjawab”
OBJEKTIF
“Menawarkan perkhidmatan kewangan kepada semua pelanggan Universiti secara cekap dan berkesan”